Kuopion osaston perinteisenä tehtävänä on ollut antaa opetusta kirkkomusiikin koulutusohjelman mukaisesti Helsingissä sijaitsevan kirkkomusiikin osaston rinnalla. Opetusta on annettu rajoitetusti myös Sibelius-Akatemian muilla opetusaloilla. Lisäksi Kuopiossa käynnistyi syksyllä 2004 taidehallinnon (Arts Management) -maisteriohjelma.

Kuopion osasto perustettiin vuonna 1983 jatkamaan kirkkomusiikkikoulutusta, jota Kuopiossa oli annettu jo vuodesta 1960 tiiviissä yhteistyössä Sibelius-Akatemian kanssa. Osastossa opiskelee noin puolet Sibelius-Akatemian kirkkomusiikin koulutusohjelman opiskelijoista. Koulutuksen ytimen muodostaa liturginen musiikki. Seurakuntatyön edellyttämät musiikilliset valmiudet ovat opiskelussa keskeisiä. Niiden lisäksi opiskelija voi valita syventymiskohteensa taiteelliselta, pedagogiselta tai tutkimukselliselta alueelta. Perinteisen koulutuksen alueella on keskitytty erityisesti vanhoihin kosketinsoittimiin ja suomalaisen kirkkomusiikin tutkimukseen. Kuopiossa on pyritty lisäksi tarjoamaan vaihtoehtoja seurakunnan musiikkikasvatuksen ja nuorten hengellisen musiikin, viime aikoina myös hengellisen kansanmusiikin alueilla.

Kuopion osastosta on valmistunut 260 musiikin maisteria elokuuhun 2010 mennessä. Heistä suurin osa on sijoittunut kanttorin tehtäviin Suomen evankelis-luterilaiseen kirkkoon. Kuopion osastossa voi suorittaa musiikin maisterin (MuM) tutkinnon lisäksi myös lisensiaatin (MuL) ja tohtorin (MuT) tutkinnon.